Odmulanie zalewu ma na celu przywrócenie jego pierwotnych funkcji. Jest to szczególnie ważne z punktu widzenia ewentualnych nagłych przyborów wód i zminimalizowania negatywnych skutków, mogących wystąpić po długich i intensywnych opadach. W marcu 2017, po wielu latach negocjacji, Ministerstwo Środowiska zapowiedziało rozpoczęcie prac przy jego odmulaniu w roku 2018. Ostatecznie prace rozpoczęto w październiku 2019 r. po wcześniejszym przeniesieniu roślinności prawnie chronionej. Prace podzielono na etapy ze względu na spory rozmiar prac oraz, dlatego że część zbiornika znajduje się na obszarze chronionym. Prace mają zakończyć się do końca 2022 roku.
Zbiornik Rzeszowski objęty jest częściowo obszarem chronionym „Natura 2000”. Obfituje on w: pałkę szeroko- i wąskolistną, trzcinę, mannę mielec, skrzyp bagienny, kosaciec żółty, szczaw lancetowaty. W wodzie i na jej powierzchni rosną również żabieniec, rzęsa wodna, moczarka kanadyjska, rogatek, rdestnica pływająca, grążele żółte, grzybienie białe. Na brzegach dochodzi do sukcesji łęgu – występują wierzby, topole, olchy, jesiony.