W XXI wieku Como przez rok było drugoligowcem (awans w 2001 roku). Spadło jednak z ligi, a zostało zapamiętane głównie z meczu z Modeną, po którym kapitan zespołu Massimiliano Ferrigno został zdyskwalifikowany na 3 lata. W 2002 roku zespół wszedł do Serie A, ale spisał się słabo i już po roku zakończył swój pobyt w najwyższej lidze. Na koniec sezonu 2004/2005 klub spadł do Serie C2 po przegraniu baraży (1:2 w dwumeczu z Novarą Calcio). Następnie ogłoszono bankructwo klubu, po czym zespół przystąpił do rozgrywek Serie D, najwyższej klasy rozgrywkowej w amatorskim futbolu we Włoszech.
Do elity zespół Como powrócił po 21 latach zajmując 2. pozycję w Serie B w sezonie 2023/2024. Sezon 2024/2025 był dla Como bardzo ważnym i wymagającym sezonem ponieważ był to pierwszy sezon po wielkich zmianach. W sezonie 2025/2026 drużyna spisała się najlepiej jak dotychczas zajmując 4 miejsce w tabeli Serie A tym samym odbierając możliwość powrotu do Ligi Mistrzów takim klubom jak A.C.