Systematyka Pakarana Branickiego jest obecnie jedynym żyjącym przedstawicielem rodziny pakaranowatych (Dynomyidae). Na początku XX wieku zoolodzy odnotowywali szereg zwierząt które lokowali w rodzinie Dynomyidae: Dinomys pacarana Miranda-Ribeiro, 1919 Dinomys gigas Anthony, 1921 Dinomys branickii occidentalis Lönnberg, 1921 Dinomys sp.n. Niceforo, 1923 W roku 1931 Colin Campbell Sanborn uznał te określenia jako synomiczne w stosunku do Dinomys branickii.
Nazewnictwo Nazwa rodzajowa Dinomys znaczy „okropna mysz”. Epitet gatunkowy branickii jest eponimem mającym na celu upamiętnienie polskiego przyrodnika Konstantego Branickiego, dzięki któremu Jelski mógł prowadzić badania w Peru.
Upowszechniona nazwa „pacarana” oznacza w języku Indian Tupi „fałszywa paka”. D. branickii jest morfologicznie bardzo podobny do gryzonia paka z rodziny pakowatych (Cuniculidae). Pakarana Branickiego jest również nazywana „machetero”, co stanowi aluzję do maczety. D. branickii ścina łodygi zbóż w taki sposób, że pozostawia po sobie ściernisko podobne do ścinanego maczetą. Inne stosowane lokalnie nazwy to: piro, teconi, tecón, lapa rabuda, lapo, lapa cacique, rukupi i guagua lanuda.