Jako kapelan partyzancki wielokrotnie niósł posługę duszpasterską w lesie, m.in. odprawiając polowe msze. Organizował i patronował lokalnemu tajnemu nauczaniu, na plebanii udzielał schronienia osobom pochodzenia żydowskiego i partyzantom, zarówno polskim, jak i radzieckim. Nadzorował też miejsca schronienia rannych AK-owców. Do pracy konspiracyjnej wciągnął wielu księży, zakonników i sióstr zakonnych.
Szczególne zasługi Giedymin Pilecki położył jako organizator tajnej drukarni Okręgu Nowogródzkiego Armii Krajowej. Działała ona w Hermaniszkach od 1942, mając do dyspozycji specjalny oddział wartowniczy. Pilecki wydawał i redagował szereg pism, korzystając przy tym z własnego nasłuchu radiowego; były to m.in. „Świt”, „Echa leśne”, „Biuletyn Informacyjny”, „Ostatnie Wiadomości”. Część z nich miała charakter oficjalnych periodyków Okręgu Nowogródzkiego. Pilecki był również redaktorem jedynego w Polsce pisma podziemnego dla kapelanów wojskowych i oficerów oświatowych Armii Krajowej - „Sursum Corda”. W 1944 wydał broszurę powielaczową O rycerskości narodu. W marcu tegoż roku, wobec zagrożenia dekonspiracji, przeniósł drukarnię do odległej o 6 kilometrów od Hermaniszek kolonii rolnej Porubiszki.