Przed wyborami parlamentarnymi do Sejmu RP w 1935 został mianowany komisarzem wyborczym w okręgu wyborczym nr 40.
W październiku 1939 został aresztowany przez NKWD i osadzony w więzieniu w Białymstoku, a stąd wywieziony do ZSRR. Od tej pory nie było na jego temat żadnych wieści. Jego grób symboliczny znajduje się na cmentarzu Powązkowskim w Warszawie (kwatera 20-1-17,18).
Ordery i odznaczenia
Złoty Krzyż Zasługi (11 listopada 1934) „za zasługi na polu pracy samorządowej i społecznej”.
Upamiętnienie 19 lutego 2004 r. na Willi Prezydenckiej w Białymstoku przy ul. Akademickiej 26 umieszczono tablicę pamiątkową poświęconą Sewerynowi Nowakowskiemu.
Jedna z ulic w Białymstoku nosi imię Seweryna Nowakowskiego.
Seweryn Nowakowski był patronem Publicznego Gimnazjum Nr 6 z Oddziałami Dwujęzycznymi w Białymstoku.
W ramach obchodów stulecia niepodległości Polski oraz w nawiązaniu do obchodów ustanowionego przez Radę Miasta Białegostoku Roku Seweryna Nowakowskiego, Ryszarda Kaczorowskiego i Feliksa Filipowicza od 22 listopada 2019 do 16 lutego 2020 r. w BOK–Centrum im. Ludwika Zamenhofa w Białymstoku można było obejrzeć wystawę poświęconą ostatniemu przedwojennemu prezydentowi Białegostoku – Sewerynowi Nowakowskiemu.