Adelgundy Zappio i Wawrzyńca Fabriciusa (do tego czasu eksponowane w bazylice Mariackiej), Johanna Hutzinga (z Muzeum Narodowego w Gdańsku) i Ulricha Kantzlera (ze składnicy Pomorskiego Wojewódzkiego Konserwatora Zabytków)Ewa Karendys "Po 70 latach zabytki z kościoła św. Jana wracają na swoje miejsce" [dostęp 31.12.2012]. W 2017 przeprowadzono renowację elewacji wschodniej. W 2019 zakończyła się renowacja ołtarza głównego. Dalej trwają prace restauratorskie obejmujące m.in. renowację prospektu organowego i odbudowę instrumentu organowego położonych w północnym transepcie (małe organy Rhodego).
W związku z wykorzystaniem kościoła jako centrum kultury zamontowano w nim ogrzewanie podłogowe, profesjonalną scenę i nagłośnienie. W wieży urządzono garderoby dla artystów.
Nieustannie trwają poszukiwania drobnych elementów dekoracyjnych, które zaginęły po 1945 roku, m.in. kołatka w kształcie głowy lwa z gotyckich drzwi prowadzących do dawnej zakrystii (dzisiejszej kaplicy)"Szukają zaginionych przedmiotów z kościoła św. Jana [ZDJĘCIA]" [dostęp 16.09.2013].