W grudniu, u ujścia rzeki Putumayo, Aguirre stanął na czele buntu, mordując Ursúę i jego zastępcę – don Fernando de Guzmána. Następnie poprowadził buntowników w dół Amazonki, a potem w górę Rio Negro, by w końcu dotrzeć do Orinoko. Po drodze palono liczne wioski indiańskie, a po wielomiesięcznej podróży osiągnięto wybrzeża Morza Karaibskiego na terytorium dzisiejszej Wenezueli.
W połowie roku 1561 oddział Aguirry, mieniącego się księciem Peru i Chile – przekształcony samoistnie w bandę piratów – zajął zbrojnie wyspę Margaritę, skąd zamierzał zaatakować bazę sił królewskich w Panamie. Informacje o planowanym uderzeniu dotarły jednak do dowódców hiszpańskiej armii i floty, którzy przedsięwzięli ekspedycję karną.
Niespodziewający się niczego Aguirre i jego ludzie zostali zaskoczeni podczas postoju w niewielkim wówczas miasteczku Barquisimeto w Wenezueli i zmuszeni do kapitulacji. Tuż przedtem Aguirre zamordował własną córkę („by osoba, którą tak kochałem, nie poszła do łóżka z byle kim”). Hiszpanie byli bezwzględni wobec wodza piratów.