Po 1945 zaangażował się w tzw. działalność repolonizacyjną Warmiaków i Mazurów w prowadzonych przez siebie uniwersytetach ludowych. Pierwszy z nich w Jureckim Młynie (koło Morąga, w piśmiennictwie także pod nazwą Jurkowy Młyn) rozpoczął działalność 10 czerwca 1946. Wspierali go w pracy nauczyciele z polskich szkół okresu międzywojennego: Alfons Barczewski, Jan Hedrych, Konrad Sikora, Elżbieta Jankowska, Franciszek Jankowski. W Uniwersytecie Ludowym prowadzone były zajęcia z języka polskiego, spółdzielczości i rachunkowości. Ważną część edukacyjną pełniły zajęcia świetlicowe w trakcie których uczniowie odtwarzali inscenizacje przygotowane przez Jana Boenigka na podstawie tekstów ks. Walentego Barczewskiego, Mickiewicza, Tuwima. Młodzież prowadziła 350-hektarowe gospodarstwo rolne, które zapewniało im utrzymanie w czasie nauki. Drugi uniwersytet ludowy działał w MikołajkachWedług innych źródeł w Rudziskach pod Pasymiem.
Jan Boenigk przeszedł na emeryturę w 1955. Wtedy też rozpoczął swą działalność literacką, wydał wspomnienia Minęły wieki a myśmy ostali (pierwsze wydanie 1957, drugie rozszerzone w 1971), szkice Wyroki (1970). Pozostawił po sobie niedokończoną sagę rodu Barczewskich.