Genetyka Pajęcznica liliowata jest tetraploidem z liczbą chromosomów 2n = 4x = 60 i 64. Rzadko rejestrowane są populacje diploidalne 2n = 30 (Alpy i Dania). Zróżnicowanie genetyczne populacji jest bardzo wyraźnie i pozytywnie skorelowane z ich wielkością. Odrębność genetyczna niewielkich i izolowanych populacji tłumaczona jest działaniem dryfu genetycznego. Mimo że gatunek ten jest poliploidem zawierającym więcej zróżnicowanych alleli od swoich diploidalnych przodków (wśród których z pewnością jest pajęcznica gałęzista A. ramosum), to jednak nie dość, że nie wykazuje lepszej adaptacji do warunków środowiskowych, to wręcz pajęcznica gałęzista ma szersze spektrum ekologiczne i zasięg geograficzny. Podobnie zwiększenie liczby chromosomów nie zwiększyło skuteczności samopylności i nie umożliwiło agamospermii.
Ekologia Siedlisko thumb|Murawa z obficie kwitnącą pajęcznicą liliowatą Pajęcznica liliowata rośnie w miejscach nasłonecznionych, zwykle na zboczach (czasem też stromych obrywach), na glebie piaszczystej do gliniastej, obojętnej do zasadowej, często szkieletowej.