System władzy, jaki ukształtował się w Peru w okresie sprawowania przezeń urzędu prezydenta, określany jest jako fujimorizm.
Wobec postawienia zarzutów korupcyjnych, 17 listopada 2000 Fujimori uciekł do Japonii, skąd przysłał faks ze swoją rezygnacją. Parlament odrzucił ją i formalnie zdjął prezydenta z urzędu 22 listopada. Od tamtej pory żył w ukryciu w Tokio, gdzie japońskie władze chroniły go jako obywatela tego kraju. Zbiegowi wydawało się, że z Chile będzie w stanie prowadzić kampanię wyborczą i wygrać przewidziane na kwiecień wybory prezydenckie w Peru. Wówczas, jako chroniona immunitetem głowa państwa, zamierzał triumfalnie wrócić do ojczyzny. Władze Chile uszanowały jednak międzynarodowy list gończy rozesłany za Fujimorim i osadziły go po przybyciu w areszcie. Peru natychmiast wystąpiło o jego ekstradycję i poparło wniosek wieloma tomami akt, dowodzącymi licznych zbrodni popełnionych przez prezydenta w czasie jego rządów.