Po konflikcie z kierownictwem Sztabu Generalnego Wojska Polskiego odszedł do rezerwy na własną prośbę.
Kiedy był dowódcą GROM, zrealizował misję na pograniczu kosowsko-macedońskim, rozpoczął działania w Afganistanie, a w marcu 2003 wziął udział w II wojnie w Zatoce Perskiej i rozpoczął służbę na misji stabilizacyjnej w Iraku.
Na początku 2006 został przywrócony do służby czynnej i ponownie wyznaczony dowódcą Wojskowej Formacji Specjalnej GROM. Decyzją Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej 7 września 2006 zastąpił adm. floty Ryszarda Łukasika na stanowisku zastępcy szefa Biura Bezpieczeństwa Narodowego.
Od 8 sierpnia 2007 do 19 listopada 2007 szefa Biura Bezpieczeństwa Narodowego. mały|gen. dyw. Roman Polko podczas oficjalnego zakończenia służby wojskowej (2009) 29 stycznia 2009 generał dywizji Roman Polko zakończył zawodową służbę wojskową i odszedł do rezerwy.