W prologu gry dla gracza dostępne są wszystkie umiejętności bohatera, jednakże po nieudanym zamachu na Roberta de Sablé zostaje zdegradowany do najniższej rangi. Wykonując zlecenia w Ziemi Świętej odzyskuje z czasem swoją dawną rangę, a z nią bronie i umiejętności. Ofiarami Altaïra jest dziewięć wpływowych osób (zarówno krzyżowców, jak i Saracenów), którzy ciemiężą Ziemię Świętą. W miarę postępu w grze Altaïr odkrywa, że wszystkie jego ofiary były templariuszami, zaś sam zakon templariuszy ma co do Ziemi Świętej szersze plany. Dodatkowymi jego zadaniem jest obrona niewinnych mieszkańców miast, które odwiedza, przed strażnikami, wspinanie się na punkty obserwacyjne, aby zlokalizować odpowiednie miejsca w mieście, a także prowadzenie śledztw mających na celu zebranie informacji o przeciwniku do zlikwidowania.
Pod koniec gry dochodzi do walki z armią Ryszarda Lwie Serce i Roberta de Sablé pod Arsuf. Po zabiciu Roberta król pozwala asasynowi odejść bez walki. Altaïr wraca do Masjafu, by zemścić się na mistrzu swojego zakonu, Al-Mualimie, za zdradę, o której powiedział mu de Sablé.