Udział Hanriota w obaleniu monarchii przełożył się na dalszy wzrost wpływów Hanriota wśród radykałów. Został dowódcą specjalnej sekcji sankiulockiej w Komunie Paryża, a 30 maja – dowódcą Gwardii Narodowej. Odegrał decydującą rolę w faktycznym zamachu stanu 30 maja-2 czerwca, otaczając gmach Konwentu Narodowego na czele 80 tys. sankiulotów i żądając aresztowania deputowanych żyrondystów. Jean-Paul Marat nazwał go po tym wydarzeniu „zbawcą ojczyzny”R. Ballard, A New Dictionary of the French Revolution, I.B. Tauris, London 2011, s. 161–162.. Po tym wydarzeniu podał się do dymisji ze stanowiska dowódcy Gwardii Narodowej, jednak Komuna Paryża nie tylko jej nie przyjęła, ale i nadała mu stopień brygadiera (3 lipca 1793), a następnie stopień generalski (19 września 1793).

Należał do klubu kordelierów, popierał skrajnie radykalną frakcję hebertystów, zdołał jednak uniknąć procesu i egzekucji, gdy Komitet Ocalenia Publicznego zdecydował o postawieniu jej członków przed Trybunałem Rewolucyjnym. O pozostawieniu go na wolności osobiście zdecydował Maximilien de Robespierre. W okresie wielkiego terroru pozostał komendantem Gwardii Narodowej.