Pomimo dobrych występów w sparingach, działacze portugalskiego klubu postanowili wypożyczyć swojego zawodnika. Młody, utalentowany piłkarz trafił do FC Alverca. W sezonie 1997/98 rozegrał w jej barwach ponad trzydzieści spotkań w lidze i strzelił trzynaście goli. Tym wynikiem oraz dobrą grą Deco zwrócił na siebie uwagę FC Porto. Zawodnik rundę jesienną następnych rozgrywek spędził występując w SC Salgueiros, po czym podpisał kontrakt z portugalskim gigantem.
FC Porto W FC Porto Deco od razu stał się podstawowym zawodnikiem. Po przybyciu do klubu trenera Jose Mourinho zawodnik otrzymał opaskę kapitańską. W sezonie 2002/2003 poprowadził zespół do finału Pucharu UEFA w którym Porto po dwóch golach Derleia oraz jednym trafieniu Dmitrija Aleniczewa pokonało szkocki Celtic Glasgow. W kolejnych rozgrywkach Smoki dotarły do finału Ligi Mistrzów w którym pokonały AS Monaco 3-0. Deco w 71 minucie tego spotkania zdobył jedną z trzech bramek dla swojego zespołu.