Przyroda Szata roślinna jest wyraźnie uboższa niż w innych częściach Pienin, została bowiem silnie przekształcona w wyniku działalności człowieka. Występują tutaj liczne łąki i pastwiska, we wschodniej części rosną lasy, głównie świerkowe, powstałe również w wyniku działalności człowieka. Największą domieszkę tworzy w nich buk. Jedyny naturalny fragment lasu świerkowego występuje na północnych stokach Wysokiej. Najciekawsza flora zachowała się w trudno dostępnych stokach Bystrzyka i skałach Przełomu Leśnickiego Potoku oraz Wąwozu Homole. Nigdzie jednak w Małych Pieninach nie występuje chryzantema Zawadzkiego (w Polsce znana tylko z Pienin), natomiast na niedostępnej północnej ścianie Smolegowej Skały odkryto reliktowe stanowisko 4 gatunków roślin, z których trzy poza Tatrami i Smolegową Skałą nigdzie w Polsce nie występują. Słowacka strona Małych Pienin należy do słowackiego Pienińskiego Parku Narodowego, natomiast w Polsce utworzono kilka rezerwatów przyrody: rezerwat przyrody Biała Woda rezerwat przyrody Wąwóz Homole rezerwat przyrody Wysokie Skałki rezerwat przyrody Zaskalskie-Bodnarówka