Być może oskarżyciele dążyli jedynie do banicji Sokratesa, jednak okazało się to niemożliwe wobec nieprzejednanej postawy oskarżonego.
Po procesie Sokrates udał się do więzienia, gdzie miał pozostać jeszcze przez 30 dni, zanim zostanie stracony. W tym czasie pozostawiono mu dużą swobodę i był licznie odwiedzany przez swoich uczniów, z którymi toczył dysputy. Ucieczka z tego więzienia nie stanowiłaby dużych trudności, jednak Sokrates odrzucał takie propozycje.
Po upływie wskazanego okresu Sokratesowi miała zostać podana cykuta do wypicia. Wypił ją w obecności swoich uczniów i przyjaciół. Scena ta została następnie opisana przez Platona w Fedonie oraz przez Ksenofonta we Wspomnieniach o Sokratesie.
Kontrowersje budzi trucizna użyta do egzekucji Sokratesa. W tradycji literackiej jest to cykuta (szalej jadowity, Cicuta virosa), jednakże analiza objawów prowadzi do wniosku, że najprawdopodobniej był to szczwół plamisty (Conium maculatum). W starożytności obie te rośliny określano łacińskim cicuta.
Poglądy Sokrates nie pozostawił własnych pism. Przekaz innych osób o nim jest zniekształcony. Stąd też rekonstrukcje jego poglądów zawsze częściowo opierają się na domysłach i są podatne na krytykę.