Gdy dowództwo na południu objął generał Nathanael Greene, Marion oraz podpułkownik Henry Lee otrzymali w styczniu 1781 rozkaz zaatakowania Georgetown. Atak ten nie zakończył się jednak sukcesem. Za to w kwietniu w wyniku udanej akcji zajęli Fort Watson a w maju Fort Motte co spowodowało przerwanie szlaków komunikacyjnych pomiędzy placówkami brytyjskimi w obu Karolinach. 31 sierpnia oddział Mariona uwolnił niewielki oddział amerykański schwytany przez 500 Brytyjczyków prowadzonych przez majora C. Frasera. Za ten brawurową akcję otrzymał podziękowania od Kongresu Kontynentalnego. 8 września Francis Marion dowodził prawym skrzydłem sił amerykańskich w czasie bitwy pod Eutaw Springs.
W służbie stanu Karolina Południowa W 1782, w czasie gdy jako senator stanowy przebywał w Jacksonborough, w jego oddziale narastało zniechęcenie i pojawiły się nawet pogłoski o spisku mającym na celu wydanie go w ręce brytyjskie. W lipcu tego samego roku, Marion stłumił to powstanie lojalistów na brzegu rzeki Pee Dee.