Obie armie rozpoczęły ofensywę jednocześnie 28 listopada.
W czasie gdy francuskie kolumny generała Moreau maszerowały równolegle w kierunku przepraw nad środkowym Innem, armia austriacka arcyksięcia Jana ruszyła na Landshut, skąd skręciła na południe i 1 grudnia uderzyła pod Ampfling na lewoskrzydłowe dywizje francuskie. Po zaciętych walkach pod Ampfing Austriacy wyparli francuską ariergardę dowodzoną przez Michela Neya.
Zaskoczony Moreau postanowił rozwinąć swą armię na otwartym terenie w pobliżu Hohenlinden. W tym celu skoncentrował w tym rejonie 5 dywizji, natomiast na prawo od nich w okolicach Ebersberga 2 dywizje wraz z Legią Naddunajską Kniaziewicza. By dotrzeć do francuskich pozycji, armia austriacko-bawarska musiała teraz posuwać się w kierunku zachodnim przez trudny, pokryty lasami i bagnami obszar.
Główna pozycja obronna armii Moreau składała się z czterech dywizji zwróconych na wschód. Posuwając się od północy na południe były to dywizja Claude Legranda (8000), dywizja Louisa Bastoula (6000), dywizja Michela Neya (10 000) i dywizja markiza de Grouchy (9000). Trzy spośród wymienionych dywizji (licząc od północy) należały do korpusu Paula Greniera. W rezerwie Moraeau zostawił 2000 kawalerii.