Wybrany do nowo powołanego Konwentu, niemal natychmiast został komisarzem na froncie północnym, gdzie spędził jesień roku 1792. Wrócił do Paryża na proces króla, w którym zagłosował za skazaniem na śmierć. W styczniu 1793 roku został wybrany do pierwszego, 25-osobowego Komitetu Bezpieczeństwa Powszechnego, który szybko okazał się mało skuteczny. To Isnard przedstawił 4 kwietnia kończący raport z jego prac, zalecając przekształcenie komitetu w mniejsze ciało składające się z 9 członków. W walce „górali” z żyrondystami wspierał tych ostatnich, broniąc autorytetu parlamentu przed wpływem ludu Paryża, mającego coraz większe ambicje co do sprawowania władzy. 25 maja, gdy przewodniczył obradom Konwentu, zagroził nawet pacyfikacją miasta, jeśli sankiuloci nie zrezygnują z ciągłego wywierania nacisków na deputowanych.
2 czerwca Isnard z własnej woli zrezygnował z mandatu członka Konwentu, widząc aresztowanie 29 czołowych przywódców swojej frakcji (sam nie znalazł się na liście proskrypcyjnej). Wyjechał z Paryża i zaangażował się w organizację powstania antyjakobińskiego.