Badania nad pochodzeniem waleni Klasyczna systematyka kopytnych pozostawała jednak w coraz większej niezgodzie z pojawiającymi się kolejnymi doniesieniami naukowymi zapoczątkowanymi przez badania dotyczące pochodzenia waleni. Wiadomo było, że pochodzą one od lądowych ssaków. Przodków waleni szukano wśród niedźwiedziowatych, mezonychów, parzystokopytnych bądź ich bliskich krewnych. Badania genetyczne wykazały bliskie pokrewieństwo waleni z przeżuwaczami, grupy te były sobie bliższe, niż przeżuwacze i inne grupy parzystokopytnych, oraz – dokładniej – z hipopotamowatymi. Do podobnych wniosków dochodzi autorzy kolejnych badań.
Nazwanie nowych kladów Pierwsi autorzy wyciągali z badań wnioski, ale nie nazywali nowych taksonów. Gatesy et al na przykład określają jeden z omawianych przez siebie kladów Cetacea/Hippopotamidae. Sytuację mieniała praca, którą Peter J. Waddell, Norihiro Okada i Masami Hasegawa opublikowali w 1999 w Systematic Biology. Wprowadzili nazwy trzech nowych taksonów ssaków. Nie przedstawili oni ich na kladogramie, ale zamieszczony opis wskazuje na następujące pokrewieństwa: