W sezonie 1994/95 zespół - pod wodzą trenera Rolanda Gransarta i z polskim napastnikiem Dariuszem Marciniakiem w składzie - po raz pierwszy i jedyny awansował do Division 1. Zadebiutował w niej 19 lipca 1995 remisem 0:0 u siebie z FC Metz. Na najwyższym szczeblu ligowym FC Gueugnon spędził zaledwie jeden sezon, spadając po zajęciu 18. miejsca. W sezonie 1999/2000 dotarł do 1/8 finału krajowego pucharu, przegrywając po serii rzutów karnych z FC Nantes (rundę wcześniej FC Gueugnon pokonał 4:3 na wyjeździe faworyzowany Olympique Marsylia). W 2000 r. zespół odniósł największy sukces w historii, zwyciężając na Stade de France w finale Pucharu Ligi Francuskiej 2:0 z Paris Saint-Germain i stając się tym samym pierwszym, drugoligowym triumfatorem tych rozgrywek. W sezonie 2000/01 wystąpił w Pucharze UEFA, jednak odpadł po dwumeczu z Iraklisem Saloniki (0:0, 0:1). Pierwsza dekada XXI wieku stała się dla drużyny równią pochyłą, prowadząc do zajęcia ostatniego miejsca w Championnat National i spadku do CFA w sezonie 2010/11. W kwietniu 2011 r.