drugiego pokoju kappelskiego nastąpiło ustalenie podziału wyznaniowego kantonów.
Na mocy postanowień pokoju westfalskiego z 1648 roku, kończącego wojnę trzydziestoletnią, cesarz rzymsko-niemiecki uznał oficjalnie niepodległość Szwajcarii i jej formalne wyodrębnienie z Rzeszy Niemieckiej. Od tego czasu Szwajcarię zaczęto nazywać Związkiem Szwajcarskim.
Inwazja francuska W 1798 armie francuskie podbiły Szwajcarię, narzucając nową ujednoliconą konstytucję, osłabiającą kantony, a wzmacniającą rząd centralny. Okres ten (1798-1803) nazywany jest Republiką Helwecką. Jednakże system ten zniszczył wielowiekowe tradycje kulturowe i był bardzo niepopularny wśród Szwajcarów. Kiedy wybuchła wojna, Szwajcaria stała się areną walk pomiędzy Francją a Austrią i Rosją. Pojawiły się również dwie frakcje wśród Szwajcarów: „republikanów”, będących zwolennikami nowego porządku, oraz „federalistów”, chcących powrotu do systemu federacyjnego, opartego na szerokiej autonomii kantonów. Po spotkaniu zorganizowanym przez Napoleona w 1803 w Paryżu oba stronnictwa doszły do porozumienia, co znalazło wyraz w podpisaniu tzw. Aktu Mediacyjnego, przywracającego w znacznym stopniu system federacyjny.