W 1964 roku za czasów rządów prezesa Giovanniego Borghiego Varese awansowało po raz pierwszy do Serie A, uprzednio wygrywając kolejno rozgrywki Serie C i Serie B. W tym okresie w zespole wychowali się późniejsi reprezentanci Włoch Pietro Anastasi, Roberto Bettega oraz mistrzowie świata z Hiszpanii Claudio Gentile, Giampiero Marini i Riccardo Sogliano. W 1975 roku minęła „złota era” Varese i zespół ten spadł do Serie B.
W 1985 roku klub spadł do Serie C i 10 sezonów na 20 spędził grając w Serie C2. W 1998 roku pod wodza Stefana Capozucci awansował do Serie C1. W 2001 roku doszło do konfliktu prezesa Gianvittoria Gandolfiego i sponsorów klubu, toteż udziały przejęła rodzina Turrich. Latem 2004 pod ich rządami oraz rodziny Tacconich zespół popadł w tarapaty finansowe i został zdegradowany do ligi regionalnej. W lipcu 2004 ogłoszono bankructwo i pod wodzą nowego zarządu założono nowy zespół A.S. Varese 1910. Rozpoczął on grę w lidze Eccelanza.