w 1908 odszedł na emeryturę.
W 1909 został odznaczony austriackim Krzyżem Komandorskim Orderu Franciszka JózefaHof- und Staatshandbuch der Österreichisch-Ungarischen Monarchie. Wiedeń: 1818, s. 165
Badacz dziejów politycznych Polski XVI w. Zapoczątkował nowoczesne studia nad reformacją w Polsce. Działał na polu edytorstwa źródeł historycznych, kierując wspólnie ze Stanisławem Smolką, Ekspedycją Rzymską AU, poszukującą materiałów źródłowych do dziejów polskich w archiwach watykańskich.
W 1873 poślubił Annę Różę Orzechowską h. Oksza, siostrę krytyczki literackiej Marii Krzymuskiej. Para miała czterech synów: Stanisława (1874, zmarły wkrótce po urodzeniu), Tadeusza (1877–1927), Stefana Andrzeja (1877–) i Stanisława (1885–1965).
Został pochowany w grobowcu rodzinnym na cmentarzu Rakowickim w Krakowie (kwatera 46). thumb|Grób prof. Wincentego Zakrzewskiego na cmentarzu Rakowickim