Zewnętrzne ściany Porcjunkuli pokrywają freski odnowione przez Federico Overboka w 1830 r., kolejna prace konserwatorskie przeprowadzono w 1998. Wewnątrz, nad ołtarzem znajduje się poliptyk namalowany przez księdza Hilarego z Viterbo w 1393 r. Przedstawia on św. Franciszka proszącego na kolanach Jezusa Chrystusa i Matką Bożą o przywrócenie przywileju odpustu. Nad Porcjunkulą góruje kopuła doświetlająca wnętrze oknami w umieszczonej nad nią latarni.

Za ołtarzem bazyliki znajduje się krypta z terakotowym poliptykiem Andrea della Robba. W krypcie zachowane są fragmenty budynku wzniesionego przez mieszkańców Asyżu dla zakonników.

Architektura świątyni mały|Obraz wewnątrz Bazyliki, ukazujący jak św. Franciszek przyjmuje mężczyzn i kobiety do Trzeciego Zakonu Trójnawowa budowla o długości 126, szerokości 65 m i wysokości 75 m do poziomu kopuły, została tak zaprojektowana przez Galeazzo Alessi z Perugii, aby na przecięciu się nawy środkowej i transeptu znalazł się niewielki kościółek pochodzący z X wieku nazywany Porcjunkula (Cząsteczka). Swój obecny wygląd fasada bazyliki zawdzięcza pracom podjętym pod koniec XVIII wieku oraz w czasach późniejszych.