W marcu 2003 Sanja startowała w eliminacjach do kobiecego turnieju ITF w Makarsce, jednak po trzech gemach skreczowała. Rok później częściej brała udział w zawodach kobiecych, a w kwietniu po raz pierwszy jej nazwisko znalazło się w drabince głównej w Hvar. W czerwcu wygrała imprezę w Ankonie, a w październiku w Dubrowniku. W kwietniu 2005 odniosła imponującą liczbę trzech z rzędu triumfów turniejowych w Makarsce, Hvar i Bol. Po dłuższej przerwie zwyciężyła dopiero w 2006 roku w Grado. Dotychczas zgromadziła osiem wygranych w grze pojedynczej i jedną w grze podwójnej.
W 2006 roku zadebiutowała w turnieju WTA w Miami, ale przegrała w pierwszej rundzie. Na przełomie 2006 i 2007 roku otrzymała nominację do reprezentowania Chorwacji w rozgrywkach Pucharu Hopmana razem z bratem, Mario. Sanaj wygrała tylko jedno spotkanie, które zresztą rywale – Lucie Šafářová i Tomáš Berdych – oddali walkowerem.
W kwietniu 2007 Ančić otrzymała dziką kartę, umożliwiającą jej start w prestiżowym turnieju tenisowym w Miami. Odpadła w pierwszej rundzie z Rosjanką Wasilisą Bardiną.