Wychowywany był w wierze katolickiej. W wieku 9 lat rodzice posłali go pod opiekę sióstr dominikanek, mając nadzieję, że wpłynie to na zmianę zachowania ich syna. Jak wspominał: „Nigdy bym nie wrócił do szkoły, gdybym w inny sposób miał możliwość nauczenia się czytania napisów w niemych filmach”. Tracy oglądał dużo filmów, wielokrotnie te same tytuły, a potem odgrywał dane sceny wraz z przyjaciółmi i sąsiadami w piwnicy swojego domu. Interesował się również sportem – uprawiał baseball i boks; ..
W 1916 rodzina na krótko przeniosła się do Kansas City w stanie Missouri, lecz pół roku później powróciła do rodzinnego Milwaukee po tym, gdy projekt biznesowy Johna Edwarda Tracy’ego nie powiódł się. Przyszły aktor uczęszczał do kilkunastu szkół jezuickich, co jak sam podkreślał, pomogło mu pozbyć się wielu złych nawyków i poprawić oceny. Będąc w Marquette University High School, do którego trafił w 1917, poznał Pata O’Briena, z którym zaczął uczęszczać na spektakle, budząc zainteresowanie teatrem. W trakcie nauki na Marquette University High School Tracy uczestniczył w katolickich kursach z teologii, przez pewien czas rozważając wstąpienie na drogę kapłańską – ku zadowoleniu ojca.