Ofiar uniknięto dzięki przeprowadzonej w nocy z 7 na 8 września ewakuacji chorych do pobliskiej bursy – Żydowskiego Domu Akademickiego przy ul. Sierakowskiego 7. Uszkodzony obiekt odbudowano z przeznaczeniem na szpital wojskowy. 1941 – wiosną odbudowany gmach zostaje przejęty przez Wehrmacht. Szpital ponownie przeniesiono do Żydowskiego Domu Akademickiego przy ul. Sierakowskiego 7, a jego oddział wewnętrzny do budynku szkoły przy ul. Szerokiej 5 (obecnie ks. I.Kłopotowskiego). Na miejscu pozostała jedynie pracownia anatomopatologiczna, która miała także obsługiwać szpital niemiecki. Personel szpitala włączył się w życie konspiracyjne, m.in. prowadzenie tajnego nauczania studentów medycyny. 1944 (sierpień) – walki powstańcze spowodowały istotne uszkodzenia budynków, szpital przeniesiono do obiektów oddalonych od rzeki (m.in. do budynków Instytutu Weterynarii przy ulicy Terespolskiej i szkoły przy ulicy Siennickiej). Podczas wycofywania się Niemców na lewy brzeg Wisły szpital nie został wysadzony w powietrze. 1944 – po wyzwoleniu Pragi przez Armię Radziecką i 1 Armię Wojska Polskiego szpital przeniósł się do budynku szkolnego przy ul. Boremlowskiej 8/12. Kadra medyczna powołała tzw. Akademię Boremlowską, dziekanem został dr Tadeusz Butkiewicz.