w 1624 roku podczas najazdu tatarskiego kościół został zniszczony. Następny kościół zbudowano w 1629 rokuPodkarpacka Biblioteka Cyfrowa Dzieje Parafii Jarosławskiej strony 146-147..
Po uzyskaniu praw miejskich wybudowano drugi kościół, drewniany. Na jego miejscu w latach 1719–1749 został zbudowany murowany kościół pw. Wniebowzięcia Najświętszej Marii Panny, a w 1754 roku dobudowano klasztor dla dominikanów. Pierwszy kościół (fara) w 1744 roku był już mocno zniszczony i w 1753 roku zbudowano murowany pw. św. Jana Chrzciciela, który został konsekrowany w 1777 roku przez biskupa przemyskiego Wacława Hieronima Sierakowskiego. W 1772 roku Sieniawa znalazła się pod austriackim zaborem. Austriacy prowadzili politykę ingerencji w sprawy kościoła, dlatego w 1788 roku skasowali klasztor dominikanów, a kościół został zmieniony na parafialny.