Ojca Romana Justyna, który wbrew nakazowi pozostał w klasztorze, aresztowano 6 kwietnia 1947 roku na ulicy i przekazano władzom sowieckim, które zesłały go na Sybir.
W klasztorze Archiwum umieściło swoje biura, natomiast cerkiew przeznaczono na magazyn akt. Jednocześnie wewnątrz cerkwi wprowadzano "modernizacje": w latach 60. w cerkwi zbudowano masywny strop, natomiast w 80. – dwa nowe sklepienia oraz zbrojone schody i windę. W oficjalnych pismach pojawiło się wówczas sformułowanie, że "obiekt stracił charakter sakralny".
Bazylianie praktycznie od samego początku podejmowali próby odzyskania obiektu. Rząd stale odmawiał tłumacząc, że budynek, zgodnie z obowiązującym prawem polskim, stał się własnością państwa jako majątek poukraiński. Mimo trudności bazylianie zakupili w Przemyślu inny dom, przy ul. Krajowej Rady Narodowej 10 (dzisiaj ul. ks. J. Federkiewicza) i od 1960 podjęli pracę duszpasterską odprawiając msze w kościele Serca Jezusowego. Po przekazaniu obowiązków duszpasterskich w Przemyślu księżom diecezjalnym, pozostał tu tylko jeden bazylianin, o.