Księża chorwackiej narodowości działali w Bystricy co najmniej do połowy XVIII wieku, o czym świadczą nazwiska – Urbanič, Tislarič, Lubetič, Golubič, Besedič, Megliť.
W połowie XVI wieku osada stała się częścią majątku rodziny Serédyho. Potem Bystrica dostała się w ręce rodziny Pallfy. W jednym z dokumentów z tego okresu wymienia się, że żyło w niej 50 chorwackich i 33 słowackie rodziny. W 1647 stała się niewielkim miasteczkiem i z tego okresu pochodzi pierwsza pieczęć z wyobrażeniem patronów kościoła – św. Piotra i Pawła.
W XVIII wieku Bystrica opisywana jest jako ludna rolniczo-rzemieślnicza gmina z rozwiniętym winiarstwem. Mieszkańcy bogacili się na dostarczanej żywności bliskiej Bratysławie i Wiedniu. W 1803 przy pomocy rodziny Pallfy rozpoczęli budowę nowego kościoła św. Piotra i Pawła. Bystrica miała już 1300 mieszkańców i stary kościół był już za mały. Budowę ukończono dwa lata później, ale wyświęcono go dopiero w 1834. W 1866 przez ten teren przechodziły pruskie wojska, a na granicy z osadą Lamač rozegrała się niewielka potyczka. W 1868 tzw. stupavskie państwo, do którego należała Bystrica, została majątkiem grafów z rodziny Károly.
W 1900 mieszkało w Bystricy 2195 osób (w dużej większości Słowaków) w 331 domach.