W 1564 roku wraz z całym księstwem oświęcimskim i zatorskim tereny te znajdowały się w granicach Korony Królestwa Polskiego w województwie krakowskim w powiecie śląskim. Po unii lubelskiej w 1569 księstwo Oświęcimia i Zatora stało się częścią Rzeczypospolitej Obojga Narodów w granicach, której pozostawało do I rozbioru Polski w 1772. Po rozbiorach Polski miejscowość znalazła się w zaborze austriackim i leżała w granicach Austrii, wchodząc w skład Królestwa Galicji i Lodomerii.
W 1784 roku właścicielem części miejscowości był szlachcic i właściciel ziemski Jurkowski. Zygodowice były prężnym ośrodkiem ruchu ludowego i działalności na rzecz cywilizacyjnego postępu na wsi. W 1886 roku założono tu Kółko Rolnicze, a w 1928 Koło Gospodyń Wiejskich.
13 września 1944 r. nad Zygodowicami niemiecka artyleria przeciwlotnicza zestrzeliła bombowiec sił powietrznych USA B-24 Liberator „Hell’s Angel”. W 1991 odsłonięto Obelisk Lotników Amerykańskich upamiętniający śmierć 6 członków załogi i 1 ofiary cywilnej tej katastrofy.
W 1945 roku powstała Ochotnicza Straż Pożarna i Orkiestra Dęta.