Szymona i Heleny był mocno uzależniony od władz komunistycznych, które co jakiś czas dawały mu wytyczne i pod ich naciskiem domagał się przerwania protestów i głodówek. Ostatecznie świątynia została zwrócona 15 kwietnia 1990 roku białoruskim katolikom (korzystają z niej również unici), po czym przeszła gruntowną rekonstrukcję. Obecnie jest centrum życia kulturalnego, społecznego i religijnego mińskich katolików, działają przy niej biblioteka polska, chór, teatr młodzieżowy i nieuznawany przez władze Białorusi miński oddział Związku Polaków. We wrześniu 2007 decyzją władz Mińska ulicy przy kościele nadano imię Edwarda Woyniłłowicza.
W 2013 roku, na mocy rozporządzenia Prezydenta Republiki Białorusi i wbrew oczekiwaniom parafian, prawo własności do zespołu architektonicznego kościoła przekazano władzom Mińska, a parafia otrzymała jedynie prawo do nieodpłatnego użytkowania świątyni. Władze Mińska przekazały zarządzanie budynkiem przedsiębiorstwu komunalnemu „Minskaja Spadczyna” (tłum. Mińskie Dziedzictwo). Mieszkańcy Mińska i Kuria archidiecezji mińsko-mohylewskiej domagają się zwrotu świątyni parafii. W latach 2017–2019 przeprowadzono gruntowny remont budynku. 17 lutego 2019 r. arcybiskup mińsko-mohylewski Tadeusz Kondrusiewicz poświęcił odlane w Polsce trzy dzwony zawieszone na wieży kościoła.