Pierwszy kryzys wewnątrz w koalicji rządowej związany był z prywatyzacją Banku Śląskiego. Na skutek konfliktu doszło do dymisji Stanisława Kawalca i Marka Borowskiego. W lipcu 1994 premier Waldemar Pawlak zablokował program powszechnej prywatyzacji. Kolejnym polem konfliktu między koalicjantami było stanowisko wobec kwestii światopoglądowych. Do czasu uchwalenia konstytucji odłożono ratyfikację konkordatu. Na skutek sprzeciwu PSL nie udało się Sojuszowi zliberalizować ustawy aborcyjnej.
2 lutego 1994 koalicja podjęła decyzję o przystąpieniu do programu „Partnerstwo dla Pokoju”. 8 kwietnia tego samego roku rząd Waldemara Pawlaka złożył wniosek o przyjęcie do Unii Europejskiej.
Za rządów SLD-PSL przyjęto program przemian ekonomicznych „Strategia dla Polski” zawierający m.in. zmianę systemu waloryzacji emerytur.
Przed wyborami prezydenckimi w 1995 28 przedstawicieli partii i stowarzyszeń poparło kandydaturę lidera SLD Aleksandra Kwaśniewskiego na urząd prezydenta Polski. Kandydat SLD wygrał obydwie tury wyborów (w pierwszej otrzymał 35,11% głosów, zaś w drugiej 51,72%, pokonując Lecha Wałęsę) i objął urząd prezydenta.