W późniejszym okresie, pomimo że nie należał do najbliższego otoczenia Zygmunta, uważano go, wraz z jego bratem – Mikołajem Lubrańskim Gardziną, wojewodą kaliskim (1501–1511), a później wojewodą poznańskim za zaufanych ludzi króla, reprezentujących go w Wielkopolsce.
Duży dwór biskupi Jana Lubrańskiego był znaczącym ośrodkiem kultury renesansowej w kraju. Do jego otoczenia należeli Piotr Tomicki, Andrzej Krzycki, Mikołaj Kotwicz i Jakub Wedelicki. Podczas sprawowania urzędu dbał również o rozwój diecezji: zwołał siedem synodów diecezjalnych, przeprowadził rewizję uposażenia biskupów poznańskich, inicjując spisanie "Księgi uposażeń biskupstwa poznańskiego", które stanowi dziś podstawowy dokument opisujący wielkopolską gospodarkę początku XVI wieku, zaś wszystkie jego poczynania zostały szczegółowo zachowane w czterech tomach akt znajdujących się w archiwum metropolitalnym. Dzięki jego zabiegom wsie Dolsk i Ciążeń należące do diecezji uzyskały prawa miejskie, ufundował wiele kościołów w Wielkopolsce (np. w Kazimierzu Biskupim) oraz szpitali (np. Szpital św. Stanisława w Poznaniu). Zadbał również o siedzibę biskupią.