Zmarł w Warszawie, lecz został pochowany w Wiśniowej nad Wisłokiem, gdzie w 1988 z inicjatywy Andrzeja Szypuły założono Towarzystwo im. Zygmunta Mycielskiego. W jego ramach powstało w 1990 czasopismo „Kamerton”, koncentrujące się na dokumentacji oraz propagowaniu życia i twórczości kompozytora. Także w 1990 Telewizja Polska zrealizowała film: Zygmunt Mycielski - Szkic do portretu.
Decyzją Zygmunta Mycielskiego jego spuścizna twórcza została zdeponowana u Barbary Zwolskiej-Stęszewskiej i Jana Stęszewskiego w Warszawie. Archiwum zawiera m.in. szkice, rękopisy i wydania kompozycji, piśmiennictwo muzyczne i literackie, obfitą korespondencję oraz unikatowe dzienniki opublikowane w Dzienniku 1960–1969 (Iskry, Warszawa 2001), Dzienniku 1950–1959 (Iskry, Warszawa 1999) oraz Niby dzienniku (Iskry, Warszawa 1998). Dzienniki rzucają nowe światło na biografię Mycielskiego, ujawniając m.in. jego homoseksualizmKrzysztof Tomasik: Kronikarz. O Zygmuncie Mycielskim, [w:] Homobiografie, Warszawa 2008, s. 124–135..