Konsekwencje „sprawy Kluski” Sprawa pokazała opinii publicznej nieprawidłowości w działaniu polskiej administracji publicznej, w szczególności resortów finansów, sprawiedliwości i obrony. Według Kluski – i zgodnie z późniejszymi wyrokami NSA – działania podejmowane wobec Kluski nie miały podstaw prawnych, były prowadzone w sposób naruszający standardy państwa prawa i miały charakter zorganizowanej nagonki. W konsekwencji posady stracili szefowie Prokuratury Apelacyjnej w Krakowie, Ryszard Rychlik i Wiesław Nocuń. Po nagłośnieniu przypadku Romana Kluski prasa zajęła się analizowaniem innych przypadków polskich biznesmenów, którzy – jak twierdzą – zostali jedną decyzją Urzędu Skarbowego pozbawieni majątku i – co ważne – pieniędzy na potencjalną obronę (kosztowne analizy prawno-skarbowe). Administracja skarbowa wdrożyła w konsekwencji środki zwiększające przejrzystość działań, zmieniła zasady przyznawania premii.
W 2006 Ministerstwo Finansów opublikowało „Białą księgę JTT Computer i Optimus SA” wyjaśniającą – z pozycji administracji publicznej – sprawy obu przedsiębiorstw.