W 1870 r. podczas oblężenia Paryża przez wojska pruskie Reclus należał do kompanii balonowej Félixa Nadara, wywożącej i przywożącej pocztę z i do oblężonego miasta (było to pierwsze wykorzystanie balonów do masowego przewozu poczty w historii).

Brał udział w Komunie Paryskiej, która została proklamowana krótko potem w odpowiedzi na kapitulację Francji – jako członek Gwardii Narodowej, jak i I Międzynarodówki. Był autorem manifestu opublikowanego w czasopiśmie „Cri du Peuple” (Krzyk ludu), skierowanego przeciwko rządowi w Wersalu.

5 kwietnia dostał się podczas walk do niewoli, a 16 października został skazany na dożywotnie zesłanie do Nowej Kaledonii. Dzięki wstawiennictwu naukowców angielskich i amerykańskich wyrok zamieniono w styczniu 1872 r. na dożywotnie wygnanie.

Po krótkim pobycie we Włoszech wyjechał do Clarens w Szwajcarii, gdzie wznowił swoją pracę naukową, publikując Histoire d'une montagne (dalszy ciąg Histoire d'un ruisseau) i pisząc większą część swojego naukowego opus magnum La Nouvelle Géographie universelle, la terre et les hommes w 19 tomach (publikowanych w latach 1875–1894). Dzieło otrzymało w 1892 r. złoty medal francuskiego Towarzystwa Geograficznego (jednocześnie z wydaniem francuskim ukazało się też wydanie angielskie).