Miyamoto został wybrany do najlepszej jedenastki tej imprezy.
Późne lata Kapitan Japonii był uczestnikiem Pucharu Konfederacji w 2005 roku. Japończycy byli w dobrej formie, na początku z Meksykiem porażka 2-1. Drugi bardzo dobry mecz zwyciężony z mistrzami Europy - Grecją, 1-0. W trzecim meczu udało się zremisować z mistrzami tego turnieju 2-2, czyli Brazylią, Miyamoto zablokował przeciwnika tuż przed linią bramkową, ratując zespół od straty bramki. Zespół Zico odpadł z turnieju zajmując trzecie miejsce, przegrywając różnicą bramek z Canarinhos. Zawodnicy mogli być jednak zadowoleni, ponieważ grali na bardzo dobrym poziomie w tym turnieju.
Rok później Japonia nie zaprezentowała już takiego dobrego poziomu. Zawody rozpoczęły się obiecująco, w pierwszym meczu zawodnicy wygrywali z Australią 1-0 i kontrolowali mecz, niestety do 84 minuty, tracąc w końcu trzy gole i przegrywając mecz. Następnie grali z Chorwacją, "Tsune" sfaulował Dado Prso w polu karnym i ujrzał żółtą kartkę. Na jego szczęście bramkarz obronił karnego, udało się zachować czyste konto i mecz skończył się remisem 0-0. Miyamoto miał już 2 żółte kartki i nie mógł zagrać z Brazylią, opaskę kapitana założył na jego miejsce Yuji Nakazawa. Mecz ten zakończył się porażką 4-1.