Ponieważ wąskie kapilary uniemożliwiają bezpośredni pomiar ciśnienia w ich środkowej części, przepływ uformowany osiąga się pośrednio – przez zastosowanie wystarczająco długich kapilar lub technik obliczeniowych kompensujących zakłócenia przy wlocie i wylocie.
Izotermiczność jest przybliżona – mimo strat cieplnych wynikających z dyssypacji energii, ich wpływ ogranicza się dzięki krótkotrwałemu kontaktowi płynu z układem oraz dzięki dobremu przewodnictwu cieplnemu materiałów kapilary i zastosowaniu termostatowania.
Reometry kapilarne są bardziej czasochłonne w obsłudze, wymagają większej ilości próbki i nie pozwalają na analizę zjawisk takich jak tiksotropia czy pełna charakterystyka sprężystolepkości. Jednak umożliwiają pracę w wysokich temperaturach i przy wysokich szybkościach ścinania, nieosiągalnych w reometrach rotacyjnych. Umożliwiają też pomiar różnicy naprężeń normalnych (efekt Barusa).