Początki Trzebini sięgają czasów średniowiecza. Znaczną część jej dzisiejszego terenu stanowiły obszary dworskie, funkcjonujące w oparciu o gospodarkę folwarczną. Z 1325 pochodzi wzmianka o parafii św. Piotra i Pawła, w 1470 o kościele parafialnym w Trzebini wspomniał Jan Długosz, a w 1490 księga poborowa ziemi proszowskiej. Przełomu XIII i XIV w. sięgają tradycje wydobywania galmanu na terenach należących obecnie do gminy. Z 1411 pochodzi wzmianka o sztolni odwadniającej, pierwszej na terenie złóż śląsko-krakowskich. Do XV w. teren ten był własnością królewską, w późniejszym czasie, na drodze przywilejów nadanych przez króla, mieszczanie krakowscy uzyskali prawa eksploatacji bogatych złóż cynku i ołowiu znajdujących się w tych okolicach.
Na przełomie XIV i XV wieku, w posiadanie Trzebini weszli Karwaczjanowie herbu Zadora. Mikołaj Kezinger odkupił osadę od Karwaczjanów i w 1415 otrzymał od króla Władysława Jagiełły przywilej nadający osadzie prawo magdeburskie i górnicze. Syn Kezingera, Walther herbu Łabędź, otworzył nowe szyby w Górce, zwanej wówczas Wierzą. Równolegle z Kezingerami wydobywał kruszce ród Tęczyńskich herbu Topór, do którego należała Siersza, Wodna i Myślachowice. Pod koniec XV w. Trzebinia przeszła w ręce Jerzego Morsztyna, a w XVI w.