W 1945 ukrywał dużą grupę żydowskich dzieci w swojej prowincjalskiej rezydencji w Brukseli. Nagrodzony został za to medalem Sprawiedliwy wśród Narodów ŚwiataJean-Baptiste Janssens – Jad Waszem ..
Generalat Gdy w 1942 zmarł generał Włodzimierz Ledóchowski, trwała wojna w Europie, a o. Janssens starał się utrzymać w możliwie dobrym na te warunki stanie. Wikariusz generalny Norbert de Boynes nie mógł zwołać Kongregacji generalnej i z konieczności pełnił rządy przez trzy lata.
Po zakończeniu wojny de Boynes mógł zwołać 29. Kongregację, która odbyła się pomiędzy 6 września a 23 października 1946. Janssens był delegatem jako prowincjał. Kongregacja odbywała się w trudnych powojennych warunkach, toteż delegaci z krajów, które mniej ucierpiały podczas wojny zaopatrywali Europejczyków. 15 września 57-letni Flamand Jean-Baptiste Janssens został wybrany na generała.
Wydał sławną Instrukcję o apostolacie społecznym (1949), uznawaną za kamień milowy na drodze do podjęcia tzw. „kwestii społecznej” w Towarzystwie Jezusowym. Popierał szkolnictwo wśród ubogich.
W 1957, po jedenastu latach rządów, zwołał 30. Kongregację Generalną w celu powołania wikariusza generalnego. Pomiędzy 6 września a 11 listopada wybrano na tę funkcję Kanadyjczyka o. Johna Swaina.