W 1847 roku został studentem wydziału medycznego Uniwersytetu Wiedeńskiego. Pracował nawet jako asystent chirurga, ale po pewnym czasie doszedł do wniosku że woli zajmować się teorią. Jako uczeń pracował w Instytucie Fizjologii Brückego, a później w laboratorium Ludwiga w Lipsku. W 1853 roku ukończył studia. W 1855 Jendrassik musiał wrócić do Siedmiogrodu, ponieważ wybuchła tam epidemia cholery i brakowało lekarzy w krajuSós J: [Jenő Jendrassik (Masters of the Hungarian Medical School)] pp. 94 (Budapeszt, 1969) .
Trafił tam 11 lipca 1857 i zgodnie ze swoją specjalnością został wybrany profesorem w Instytucie Chirurgii Medycznej w Kolozsvár, otrzymując uprawnienia do wykładania patologii, farmakologii, anatomii opisowej i medycyny sadowej. Gdy w 1860 roku Czermak zostawił wakat na Uniwersytecie w Peszcie (w związku ze swoją słabą znajomością węgierskiego), Jenő Jendrassik zastąpił go na tym stanowisku.