Czystość i ochrona środowiska Według danych z lat 1993, 1999 oraz 2005 wody jeziora zaliczane były do II klasy czystości. Badania z 2016 roku zaliczyły wody jeziora do wód o dobrym stanie ekologicznym, co odpowiada II klasie jakości. Klasa jakości została utrzymana również w 2019 roku, wskaźnikiem który zadecydował o drugiej klasie był stan makrozoobentosu oraz ichtiofauny, podczas gdy stan fitoplanktonu, makrofitów oraz fitobentosu oceniono jako bardzo dobry. W tym samym roku stan chemiczny wód określono jako poniżej dobrego, elementami przekraczającymi normę była zawartość PBDE oraz heptachloru w tkankach ryb. Przeźroczystość wód została określona na 3,7 metra.
Jezioro Szarcz zostało zakwalifikowane jako średnio odporne na degradujące wpływy zewnętrzne, w związku z czym zostało zaliczone do II kategorii podatności na degradację. Oznacza to, że jest to jezioro o średnich warunkach naturalnych. Z jednej strony ma dość dobre warunki morfometryczne zabezpieczające przed degradującym wpływem zanieczyszczeń antropogennych, w szczególności charakteryzuje się dość dużą głębokością średnią oraz bardzo niskim procentem wymiany wód w ciągu roku (4%).