Twórczość We wczesnych utworach Ustwolskiej widoczny jest neoklasycystyczny wpływ Szostakowicza (w Koncercie na fortepian, 1946), który zostaje jednak dość szybko zastąpiony szorstkim patetyzmem w tragicznym stylu Musorgskiego czy Mahlera. W dojrzałym okresie jej twórczości prym wiedzie silny, ascetyczny styl z radykalnymi środkami kompozycyjnymi, nie mieszczący się w głównym nurcie życia muzycznego. Władze radzieckie uznały, że utwory Ustwolskiej, mimo że niekomunikatywne, surowe i hermetyczne, nie są jednak awangardowe, zatem nie zostały potępione.
Ustwolska tworzyła muzykę głęboką, emocjonalną, pełną napięć i kontrastów (szczególnie dynamicznych od ppppp do fffff), a przy tym – jak to sama określiła – „duchową w swojej naturze”. Szostakowicz tak zachwycał się muzyką Ustwolskiej, że włączył niektóre z jej pomysłów do swoich dzieł; na przykład drugi temat finału jej Tria na klarnet, skrzypce i fortepian (1949) pojawia się w jego V Kwartecie smyczkowym op. 92 oraz w Suicie op. 145 (nr 11, Bessmiertije).