Don Pedro był człowiekiem dworu i urzędnikiem państwowym. W latach 1572–1575 powstała ambasada nadzwyczajna przy cesarzu, którą powierzono właśnie jemu (1572–1574). Filip II wysyłając Fajardo do Wiednia miał nadzieję, iż za jego pośrednictwem uda im się pozyskać cesarza do ligi generalnej przeciwko Turkom. W międzyczasie pojawiła się kwestia przyciągnięcia Polski do obozu habsburskiego, przede wszystkim dla współpracy przeciwko Turcji. Kiedy w 1572 roku w Polsce wygasła linia Jagiellonów, a Maksymilian II rozpoczął starania o koronę polską, Filip II energicznie wsparł dom habsburski. Wysłał do Polski w roli ambasadora nadzwyczajnego – Don Pedro Fajardo. Jego misja dyplomatyczna nie odniosła jednak pożądanego skutku.
W 1574 r. zaostrzyły się napięcia między frakcjami w Genui, republice sprzymierzonej z Hiszpanią. został mianowany ambasadorem nadzwyczajnym w tym kraju, a towarzyć miał mu Pedro Fajardo, markiz de los Vélez, który jednak odmówił i, najwyraźniej bez królewskiego pozwolenia, postanowił wrócić do Hiszpanii.