Poza grającym na erhu, a także pełniącym funkcję wokalisty Limem w skład grupy weszli keyboardzistka Ambrosia, basista Xiao-Yu, perkusista Xiao-Wang oraz gitarzysta Zac Chang. Także w 1998 roku ukazało się debiutanckie demo formacji zatytułowane 越海 第二乐章 - 深耕 (Deep Rising). Natomiast rok później, nakładem oficyny Fredmosa Records do sprzedaży trafiło jednoutworowe demo pt. 夢魘 (Nightmare).
Debiutancki album długogrający formacji zatytułowany 祖靈之流 (Where the Ancestors' Souls Gathered) ukazał się w lutym 1999 roku nakładem własnym. Nagrania zostały wyprodukowane przez Jana Borsinga, znanego m.in. ze współpracy z grupami Panzerchrist i Illdisposed. Wydawnictwo było promowane podczas trasy koncertowej w Tajwanie na tamtejszych uniwersytetach. 8 maja 2000 roku nakładem wytwórni muzycznej Cyrstal ukazał się drugi album studyjny grupy pt. 靈魄之界 (9th Empyrean). Trzeci album studyjny zespołu zatytułowany 永劫輪迴 (Relentless Recurrence) trafił do sprzedaży 1 kwietnia 2002 roku. Do prac nad płytą Chthonic ponownie zaangażował producenta muzycznego Jana Borsinga. Rok później ukazał się pierwszy album koncertowy Chthonic 震氣蔓延 1995～2002 (Spread the Qi 1995 to 2002).