Struktura wewnętrzna SRI była następująca: referat kontrwywiadowczy: zajmował się prowadzeniem afer szpiegowskich i rozpracowywaniem działalności komunistycznej w wojsku referat ogólny: zajmował się ochroną tajemnicy wojskowej w obiektach wojskowych, zakładach przemysłu ściśle wojennego, ochroną prac fortyfikacyjnych oraz współpracował na odcinku ochrony ogólnego przemysłu wojennego z władzami administracyjnymi referat narodowościowy: opracowywał analizy polityczno-narodowościowe i prowadził inwigilację elementów wywrotowych wśród mniejszości narodowych będących w wojsku lub mających styczność z wojskiem
Na czele każdego z referatów SRI stał oficer w stopniu porucznika, kapitana lub majora.
Pracę informacyjno-rozpoznawczą i przeciwdziałanie szpiegostwu Samodzielne Referaty Informacyjne prowadziły przy pomocy oficerów informacyjnych w garnizonach i oddziałach, brygad agentów-obserwatorów, tajnych współpracowników w poszczególnych aferach, przy konfidencjonalnej współpracy niektórych urzędników i doraźnej współpracy organów policji państwowej.