Do końca życia pozostawał w poważaniu współczesnych, zmarł w łączności z Kościołem katolickim.
Nauczanie Niedługo po śmierci Teodora z Mopsuestii jego poglądy teologiczne zaczęli przywoływać na poparcie swoich nauk przedstawiciele nestorianizmu i pelagianizmu, co wywołało reakcję teologów Szkoły Aleksandryjskiej, zwłaszcza biskupa Rabulasa z Edessy i patriarchy Aleksandrii Cyryla. W wyniku sporu wywołanego około sto lat później, ich następcy doprowadzili do potępienia niektórych wypowiedzi Teodora z Mopsuestii przez Sobór konstantynopolitański II w 553 roku w ramach sporu o trzy rozdziały.
Chrystologia Teodora a nestorianizm Można czasem spotkać się z twierdzeniami jakoby Teodor był nestorianinem, co należy uznać za anachronizm – trudno doszukiwać się nestorian przez Nestoriuszem. Teodor był natomiast uczniem Diodora z Tarsu. Chrystologia Teodora wprowadzała jednak pewne niuanse, w stosunku do nauczania Diodora. Biskup Mopsuestii odżegnywał się od stwierdzeń mistrza o istnieniu dwóch synów w Chrystusie, jednoznacznie wyrażając się o jedności Chrystusa. Oto kilka wybranych cytatów z jego dzieł.