Mury miejskie Nysy dobrze zdały egzamin w okresie wojen husyckich, ratując miasto i jego mieszkańców przed najeźdźcami, których łupem padło w tym czasie wiele innych miast śląskich. W marcu 1428 r. dowodzeni przez Prokopa husyci zwyciężyli w bitwie z wojskami biskupa wrocławskiego Konrada i jego sojuszników. Z łatwością zdobyli słabo ufortyfikowane Stare Miasto, plądrując je i paląc doszczętnie. Nie udało im się jednak wtargnąć do otoczonego murami Nowego Miasta, aczkolwiek wyrządzili mu oni znaczne szkody poprzez ostrzał z dział.
W XVI wieku, w związku z zagrożeniem tureckim, przeprowadzono modernizację murów miejskich, budując dodatkowe basteje w przedmurzu. Wieża Bramy Wrocławskiej otrzymała wówczas nadbudowę ze strzelnicami artyleryjskimi. W 1596 r. lub nieco wcześniej wzniesiono bramę św. Jakuba na Przedmieściu Wrocławskim, zwaną później Bramą Krowią.
Obronne walory średniowiecznych murów miejskich doceniano jeszcze w początkach XVIII wieku. Zostały one wówczas ponownie wyremontowane, mimo że miasto było już otoczone nowożytnymi fortyfikacjami bastionowymi.